Ki die door de meridianen stroomt kan op sommige plaatsen geblokkeerd raken. Door middel van diagnose spoort de shiatsu-masseur op waar de blokkades zich bevinden, die tot klachten kunnen leiden aan de verbonden organen. Diagnose vormt daarmee een belangrijk onderdeel van de behandeling omdat hiermee de oorzaken van ziekte opgespoord worden.

Met behulp van vingers, duimen en handpalmen oefent de shiatsu masseur druk uit op de gediagnotiseerde meridianen in het lichaam. Hiermee wordt geblokkeerde Ki opnieuw in beweging gebracht. Deze doorstroming van Ki heft klachten op of vermindert deze, en bevordert bovendien in het algemeen de vitaliteit en gezondheid. De hoeveelheid druk wordt tijdens de behandeling aangepast aan de constitutie en de conditie van de cliënt.

Naast meridiaanbehandeling door vingerdruk geeft shiatsu bovendien de mogelijkheid om door strekking, wrijving en mobilisatie van de gewrichten in het lichaam de aldaar aanwezige blokkades op te heffen.